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在110年7月1日撼動整個建設業的房地合一稅2.0版上路，影響該產業最深的便是所得稅法第24條之5第5項規定：「稽徵機關進行調查或復查時，營利事業未提示有關房屋、土地交易所得額之帳簿、文據者，稽徵機關應依查得資料核定；成本或費用無查得資料者，得依原始取得時房屋評定現值及公告土地現值按政府發布之消費者物價指數調整後，核定其成本，其費用按成交價額3%計算，並以30萬元為限。」
原本是為了防堵在房地合一稅1.0版制度下，有部分的營利事業為規避房地合一稅，利用不申報房地合一交易所得，而以不動產投資開發（行業代號：6700-12）之淨利率10%申報房地交易所得，在稅務機關調帳查核時不提示帳簿憑證，讓稅務機關按同業利潤標準核定交易所得，以規避投資不動產的高額獲利的規定，卻也波及了因為資源不足而無法提示帳簿憑證的建設業者。
在房地合一稅1.0版時期，部分建設業由於帳證無法提示給國稅局，依同業利潤標準核定淨利
由於部分建設業資源不足，面臨國稅局查核時無法提示帳簿憑證，在1.0版時期國稅局會依據所得稅法第83條規定：「稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應提示有關各種證明所得額之帳簿、文據；其未提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額」，來核定業者淨利。
依據稅務行業標準分類暨同業利潤標準，建設業者通常適用行業代號為6700-12的不動產投資開發業，若無法提示帳證，國稅局會依同業利潤標準的淨利率10%來核定建設業者的淨利後課徵所得稅。
房地合一稅2.0版上路，建設業不提示帳證就以70%當毛利
因為實際投入材料、人工及費用建築房屋的建設業與純買賣不動產的公司同屬行業代號6700-12的不動產投資開發業，另外房屋評定現值跟土地公告現值長期偏低，約只有市價的30%左右，當2.0版上路後，無法提示帳證的建設業原本以10%淨利率的淨利來課稅，依照新規定變成以毛利率核定為70%課稅，與實際經營情況相差甚遠，當時業界也很疑惑財政部對於建設業不提示帳證真的要這樣核定嗎?，還是只是針對單純買賣不動產的公司來適用?
由於茲事體大，連國稅局都很疑惑，是一體適用還是依據營業型態的不同，區分為實際建築房屋出售的建設業不提示帳證仍依所得稅第83條規定核定淨利，而單純買賣不動產的公司不提示帳證則以房屋評定現值跟土地公告現值核定其成本。
圖1是在111年1月高雄國稅局上課時認為應該採雙軌制，也就是說應該區分營業型態，針對不提示帳證時採不同處理，而圖2中區國稅局也認為影響甚大，因此發文詢問賦稅署，在所得稅法第24條之5第5項適用上是否只針對純買賣不動產的公司適用。
然而賦稅署在111年8月發文給5區國稅局明確表明，所得稅法第24條之5第5項規定在適用上並不區分營業型態，只要營利事業不提示房地交易所得額的帳簿及文據；成本費用也沒有查得資料時，成本可以採房屋評定現值跟土地公告現值來核定。
賦稅署明確表明建設業交易房屋不提示帳證，毛利率即以70%核定，業者炸鍋
由於業者根本無法提示帳證給國稅局，但又面臨毛利率被核定70%的壓力，由於建設業有別於其他行業，一個建案從興建到完工移轉耗時多年，因房地合一稅2.0版新法上路，以往無法提示帳證的業者若營收1,000萬淨利率10%來計算稅金為20萬，在新制度下營收1,000萬毛利率約70%來計算稅金為140萬，相差甚鉅，而且可能不止補稅，還可能被罰款，也因此引發業者強烈反彈。
財政部強調應該窮盡一切力量查核資料核實認定成本，查核人員工作負擔大增
由於業者強烈反彈，財政部在111年12月發文給五區國稅局及各公會，強調所得稅第24條之5第5項：「稽徵機關進行調查或復查時，營利事業未提示有關房屋、土地交易所得額之帳簿、文據者，稽徵機關應依查得資料核定」的規定，指出業者在建築房屋時必定有材料、人工及費用的產生，稽徵機關必須優先向供應商查詢以查得資料核實認定相關成本費用，不能以業者不提供資料而逕行採用房屋評定現值跟土地公告現值來核定成本，不過此舉將造成查核人員的工作負擔大增。
業者無法提示帳證，若能提供具有公信力的第三方資料，讓查核人員節省時間，也許徵納雙方都能夠接受
房地合一課徵所得稅申報作業要點第6點第4項有規定：「第二項在中華民國境內房屋、土地、房屋使用權、預售屋及其坐落基地之價值，應參酌下列時價資料認定：(一)金融機構貸款評定之價格。(二)不動產估價師之估價資料。」，就有提到時價資料可以參考不動產估價師之估價資料來認定，或許在成本認定上也可以參考不動產估價師的資料。
不動產估價師第4號公報裡面內容包括了營造或施工費標準表、廣告費、銷售費、管理費及稅捐費率以及開發或建築利潤率，這些資料或許能在業者無法提供帳證時，提供給稽徵機關作為核定建造成本及建造利潤的依據，也減少了查核人員向業者供應商查核的時間成本，讓徵納雙方都能夠接受。
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