甲公司主要係經營禽畜魚類用各種飼料之製造加工買賣業務，由於長期虧損，乃由大股東無償提供資金供投資上市櫃股票，藉股利收入維持員工生計，授權董事長（兼總經理）全權處理買賣有價證券，該公司自行申報109年度申報情形如下：
其中非營業收入總額有利息收入3萬，非營業損失及費用總額2,468萬中屬於利息支出共2,178萬，利息支出則包含可直接歸屬之股票融資利息339萬
營利事業所得稅虧損3,929萬元，最低稅負制之基本所得額323萬，繳納基本稅額32.7萬元，遭國稅局認定甲公司以買賣有價證券為主要營業項目，核定甲公司營利事業所得稅虧損1,274.03萬元，最低稅負制之基本所得額2,451.29萬，補徵基本稅額255.45萬。
由於股票交易太頻繁以及金額過於龐大遭認定為以買賣有價證券為主要營業項目
甲公司因三項事實遭國稅局引用改制前行政法院81年10月14日庭長評事聯席會議決議的見解，就營利事業實際營業情形核定係以買賣有價證券為主要營業項目：
- 對被投資公司具有重大影響力或控制力之投資金額超過實收股本。
- 出售有價證券及基金收入及投資收益，遠大於申報飼料業務之營業收入淨額。
- 全年度交易上市（櫃）公司股票筆數接近4,000餘次。
有特定免稅所得產生，其相關之成本及費損應直接歸屬或依規定分攤，不得作為課稅所得額的減項
依據營利事業免稅所得相關成本費用損失分攤辦法規定，營利事業以房地或有價證券或期貨買賣為業者，營業費用及利息支出依規定分別計算各該款免稅收入之應分攤數，不得作為課稅所得額的減項，換句話說，依規定屬於免稅收入應承擔之營業費用及利息支出將無法認列，將導致課稅金額增加。
國稅局所用的分攤計算方式是以出售證券及基金價款作收入為基礎，與一般公認會計原則的入帳方式不同
國稅局認為甲公司營業收入40,280萬為飼料業務收入2,332萬、證券收入30,041萬、基金收入133萬以及投資收益7,774萬所組成，而營業成本23,822萬是以飼料業務成本2,492萬、證券成本21,230萬以及基金成本100萬所組成，甲公司應對營業費用以營業收入淨額40,280萬加非營業收入總額155萬，總收入合計40,435萬為基礎做以下分攤：
而應分攤的利息支出金額以1,836萬(2,178萬-利息收入2萬-股票融資利息339萬) 為基礎做以下分攤：
先計算平均動用資金占全體可運用資金之比例為49.82%(月平均動用資金182,279萬/月平均自有資金+月平均借入資金365,848萬)，在求出證券及基金出售比例11.10%(已出售成本21,330萬/出售與期末成本192,096萬)。
- 應分攤至證券及基金之利息支出為914.7萬(1,836萬*49.82%)
- 應分攤至109年度之利息支出為139.16萬元〔（339萬+914.7萬）×11.10%〕
- 分攤至已出售證券及基金之利息支出110.66萬﹝139.16萬*投資收益7,774萬/(30,174萬+投資收益7,774萬)﹞
- 分攤至投資收益之利息支出28.5萬﹝139.16萬*出售證券及基金收入30,174萬/(出售證券及基金收入30,174萬+投資收益7,774萬)﹞
- 應遞延下期之利息支出1,114.54萬(339萬+914.7萬-139.16萬)
經國稅局調整後補徵255.45萬(調整後基本稅額288.15萬-原帳列32.7萬)
甲公司經國稅局調整內容如下：
- 非營業損失及費用餘額1,353.46萬(原帳列總額2,468萬-遞延利息支出1,114.54萬)。
- 停徵之證券、期貨交易所得餘額7,450.63萬(重新計算所得為8,844萬-分攤營業費用1282.71萬-分攤利息支出110.66萬)。
- 原帳列免徵所得稅之出售土地利益77萬經調查為免徵所得稅之出售土地損失51萬。
- 免計入所得之投資收益淨額餘額7,419.94萬(原帳列7,774萬-分攤營業費用330.56萬-分攤利息支出28.5萬)。
- 經調整後營利事業報表如下：
甲公司109年度出售證券及基金收入30,174萬，分攤至持有滿3年以上證券及基金之營業費用1,103.13萬(1,282.71萬*86%)，分攤至持有未滿3年以上證券及基金之營業費用179.58萬(1,282.71萬-1,103.13萬) ，分攤至持有滿3年以上證券及基金之利息支出為95.08萬（分攤至已出售證券及基金之利息支出110.66萬×86%），分攤至持有未滿3年以上證券及基金之利息支出為15.58萬(110.66萬-95.08萬)。
持有滿3年以上證券及基金所得為7,669.79萬，超過停徵之證券、期貨交易所得7,450.63萬，以半數3,725.32萬計入證券交易所得。
